Las causas de la pérdida de la Diversidad Biológica son muchas y variadas, sin embargo, todas ellas pueden ubicarse en tres escalas:
Las causas próximas, o que afectan directamente a la Diversidad Biológica.que incluyen: Destrucción, degradación y fragmentación de ecosistemas, introducción, establecimiento e invasión de especies exóticas, aprovechamiento no sustentable de la Diversidad Biológica y la introducción de organismos genéticamente modificados.
Las causas intermedias, que dan origen a las causas próximas, y pueden mencionarse: la exclusión social y reparto desigual de los beneficios generados de la Diversidad Biológica, el desconocimiento de la importancia de la Diversidad Biológica, las debilidades en el marco legal y la gestión poco efectiva para la conservación de la Diversidad Biológica
Finalmente están las causas estructurales o causas últimas vinculadas al modelo de desarrollo. En este caso, la causa estructural de la pérdida de la Diversidad Biológica es el modelo de desarrollo capitalista patriarcal, basado en la dominación de la naturaleza y los seres humanos para maximizar de las ganancias de unos pocos, bajo una la lógica de progreso y crecimiento ilimitado, sin tomar en cuenta los costos ambientales y sociales y los límites del planeta.
La pérdida de la diversidad biológica en este sentido es sólo una de las expresiones de una gran crisis ambiental y global.
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